Отец Анатолий был высокообразованным иноком, ведшим подвижническую жизнь. Он был замечательным певцом и незаурядным регентом, писал духовную музыку. В начале XX века о. Анатолий в числе других монахов Глинской пустыни (преподобномученики иеромонахи Серафим (Богословский) и Феогност (Пивоваров)) был приглашен в Свято-Троицкий мужской миссионерский монастырь, который был основан в 1882 г. на берегу озера Иссык-Куль с целью распространения Православия в Туркестанском крае и духовного просвещения азиатских кочевников епископом Александром (Кульчицким).
В Свято-Троицком монастыре Глинские иноки сблизились с монахами Пахомием (Русиным) и Ираклием. Сейчас, когда минуло почти столетие, не представляется возможным с точностью установить биографические данные Казахстанских подвижников и фактическую сторону описываемых событий. Достоверно известно лишь то, что к 1909 году монахи Серафим и Анатолий были призваны в кафедральный город Верный (ныне Алма-Ата), где удостоились получить священный сан и несли своё служение в Успенской церкви Туркестанского архиерейского дома, за которое в 1912 году были удостоены права ношения набедренника. Также они духовно окормляли недавно основанную Иверско-Серафимовскую женскую обитель. Известно, что в 1916 году иеромонах Анатолий управлял архиерейским хором в Вознесенском Кафедральном соборе города Верный.
После событий, потрясших Верный - прихода в марте 1918 года к власти большевиков и расстрела епископа Пимена (Белоликова, память 3 сентября), монахи ушли в горы и в 8-ми верстах от города, в горном урочище Медео, создали и устроили скит на сопке Мохнатой. Иеромонах Серафим обустроил в нём церковь, вырытую в склоне горы. Позже этот скит был отдан монахиням, а братия решила искать большего уединения. Новое место для скита было найдено на горе Кызыл-Жар и было указано Богом: во время поиска монахи остановились на ночь в Аксайском ущелье близ пасеки у подножия Кызыл-Жарской горы и вдруг увидели на горе яркий свет. Поднявшись на гору, осмотрели место, откуда с наступлением сумерек исходило неземное сияние и, вернувшись, говорили: "Какое дивное это место! Как там радостно! Какая там святость, красота какая, какая благодать!".
Тут они и поставили келии на растоянии приблизительно 100 метров одну от другой, вырыли три пещеры – одну для хранения продуктов, две другие для молитвы. (Пещеры эти существуют и поныне.) Служили в большой деревянной келии отца Анатолия.
В Аксайских горах монахи косили сено, выращивали картофель, у источника рядом со скитом сажали гвоздики...
Однажды о.Серафим видел в тонком сне следующее: "Идут они втроем - о. Анатолий, о.Феогност и о.Серафим по ущелью и видят - храм стоит, красоты необыкновенной. Зашли в него все втроем, но о. Анатолий вышел из храма и убежал. И висят в этом храме 5 горящих паникадил. Вот одно из них, центральное паникадило, закачалось, закачалось, оборвалось и упало на пол. Второе паникадило закачалось и упало. Третье паникадило закачалось, но не упало, удержалось, а два паникадила висели неподвижно". Этот сон оказался впоследствии вещим.
Лето 1921 г. было очень дождливым и разрешилось сильнейшим наводнением-селем, который прошел в день празднования Тихвинской иконы Божией Матери. В августе 1921 г. все пятеро монахов Аксайского скита пошли в город Верный в Никольскую церковь на праздник целителя Пантелеимона. Двое из них остались в городе, а трое возвратились в скит. Утром 11 августа 1921 г. были убиты вооруженными красноармейцами-грабителями иеромонахи Серафим и Феогност, а о. Анатолий, предупрежденный о.Серафимом, убежал на пасеку за помощью и остался жив. Он и отпевал, и хоронил, и служил сорокоуст по убиенным монахам. После всего случившегося оставшиеся в живых о. Анатолий, о.Пахомий и о.Ираклий жить в скиту не остались.
Иеромонах Анатолий после 1921 года некоторое время жил в городе Верном, служил во Всехсвятском храме Иверско-Серафимовского монастыря, который после закрытия обители некоторое время был действующим. Там же он управлял хором и писал музыку. В середине 20-х годов он ушёл в Сухуми, где жил в горах и вёл переписку с Верненскими монахинями. Вскоре ими была получена весть об аресте и расстреле отца Анатолия.