Был учеником и сомолитвенником преподобного Александра Ошевенского. Пахомий вышел из обители наставника вскоре после его смерти. Строгий постник и молитвенник, Пахомий много лет провел в уединении. Со временем на место его подвигов за советом и благословением стали приходить местные жители, некоторые просили старца принять их под свое руководство, постепенно около келлии преподобного возникла целая обитель иноков. Здесь был поставлен храм в честь Преображения Господня, ставший средоточием Спасо-Преображенского Кенского монастыря. Произошло это не позднее начала XVI столетия, а возможно, в конце XV. В своей обители преподобный Пахомий устроил больницу для немощных старцев. Братия сами вместе с настоятелем трудились на земле: сеяли и убирали хлеб, ловили рыбу, расчищали лесные участки под поля. В 1508 году в Кенской обители принял иноческое пострижение преподобный Антоний Сийский, подвизавшийся первоначально под руководством Пахомия.
Скончался преподобный Пахомий около 1515 года, в глубокой старости, в основанном им монастыре. Вскоре после смерти святого у его гроба стали совершаться чудеса. В 1800 году Преображенский храм и все, что в нем находилось, погибло в пожаре. Остались нетронутыми огнем лишь три доски над могилой святого.
