Священномученик Владимир родился 2 июля 1885 года в селе Дудичи Игуменского уезда Минской губернии в семье священника Илариона Пастернацкого, настоятеля Покровской церкви в селе Дудичи. Окончив в 1908 году Минскую Духовную семинарию, Владимир Иларионович женился на дочери священника Феофана Сосиновского Наталье; впоследствии у них родилось восемь детей.
В 1908 году Владимир Иларионович был рукоположен во священника ко храму первоверховных апостолов Петра и Павла в селе Песочное, где служил его тесть, который в это время тяжело заболел, слег и в течение семи лет, до самой смерти, не поднимался с постели. В этом храме отец Владимир прослужил до 1932 года. В 20-х годах он был назначен благочинным и возведен в сан протоиерея. В 1931 году семье священника было предложено заплатить налог, который был для них столь велик, что они не смогли собрать нужную сумму, и у них забрали корову. В 1932 году отец Владимир был переведен в Спасо-Вознесенскую церковь в город Копыль.
В 1933 году все храмы в Копыльском районе были закрыты, а священники арестованы; оставалась лишь Спасо-Вознесенская церковь. Отца Владимира все чаще стали вызывать в НКВД и, угрожая расправой, требовать, чтобы он публично снял с себя сан. Взамен обещали обеспечить постоянной работой, например, в качестве бухгалтера, но священник это предложение категорически отверг. Власти, желая сломить его волю, потребовали от него уплаты такого налога, о котором заведомо знали, что уплатить его священник не сможет, и исключили из школы его детей. На семейном совете священник, поддержанный супругой, сказал детям: «Бог послал нам это испытание, и мы его должны безропотно нести». Оказавшись единственным священником в районе, отец Владимир с утра до вечера ездил по требам, крестил новорожденных, отпевал умерших.
В марте 1936 года протоиерей Владимир был арестован по обвинению в присвоении власти административного лица, так как он вел запись имен всех крещаемых и тех, кого пришлось отпевать. 24 марта 1936 года он был приговорен к двум годам заключения и отправлен в исправительно-трудовую колонию № 1 в селение Хальч Гомельской области.
Наталья Феофановна осталась одна с тремя несовершеннолетними детьми без средств к существованию. Но помогали, кто чем мог, прихожане. В 1936 году Наталья Феофановна с детьми переехала в город Рославль Смоленской области. В декабре 1937 года отца Владимира освободили, и 12 декабря он приехал к семье. Однако через день он был вновь арестован по обвинению в том, что «вел активную контрреволюционную агитацию о войне и гибели советской власти... о якобы существующем голоде в Советском Союзе и притеснении религии со стороны советской власти».
Был допрошен хозяин квартиры, где жила семья священника; на вопрос следователя, что ему известно о контрреволюционной деятельности священника, он ответил: «Пастернацкий среди нас проводил контрреволюционную агитацию, которая выражалась в том, что он говорил, что он сидел в тюрьме совершенно напрасно, что советская власть притесняет всех граждан, соблюдающих религиозные обряды, а особо попов всех сажает в тюрьмы».
23 декабря 1937 года следователь допросил отца Владимира, особенно интересуясь тем, чем занимался священник во время гражданской войны.
— В 1920 году в нашем местечке находились белополяки, 12 июня 1920 года во время отступления белополяков красные партизаны стреляли по автомобилю польского полковника. В результате наше местечко было оцеплено польскими войсками, и белополяки взяли человек сорок крестьян заложниками, и вместе с этими крестьянами был взят и я. Когда я находился у белополяков, то у нас выпытывали, кто стрелял по автомобилю. После чего нас освободили.
— Следствием установлено, что вы являетесь агентом немецкой разведки, то есть имели тесную связь с немецкой комендатурой. Дайте правдивые показания.
— В 1918 году в местечке Песочное находились немецкие войска, и в моем доме в течение девяти месяцев находилась немецкая комендатура. Агентом немецкой разведки я не являлся и не являюсь.
— По показанию свидетелей вы достаточно изобличаетесь в том, что, будучи враждебно настроены по отношению к советской власти, среди окружающего населения проводили контрреволюционную агитацию. Признаете ли себя в этом виновным?
— Виновным себя в предъявленном мне обвинении не признаю.
— Следствием установлено, что вы 13 декабря 1937 года, находясь в квартире, где присутствовали хозяева данного дома и квартиранты, среди них проводили контрреволюционную агитацию и говорили, что советская власть всех притесняет и не дает соблюдать религиозные обряды; говорили, что советская власть просуществует недолго, то есть явно предсказывали гибель советской власти. Признаете ли вы себя в этом виновным?
— Виновным себя в этом не признаю.
5 января 1938 года тройка НКВД приговорила отца Владимира к расстрелу. Протоиерей Владимир Пастернацкий был расстрелян 21 января 1938 года и погребен в общей безвестной могиле.
Впоследствии, в 1958 году, Наталья Феофановна, хлопоча о реабилитации мужа, писала властям: «Прошу реабилитировать моего мужа... Я в корне не согласна с тем положением, в котором погиб мой муж. Он был не вор, не хулиган, не убийца и не враг народа, ревностный проповедник Евангельской истины, благовествующей мир и любовь между людьми».
