Много веков Валаамский монастырь, находившийся на рубеже Новгородских земель, страдал от набегов шведов. Не раз шведские суда входили в бухты и проливы архипелага, шведы жгли храмы, убивали иноков, уничтожали книги и рукописи.
При короле Густаве Ваза (1523-1560) в Швеции была проведена Реформация, а во времена правления его сына Иоанна III военный отряд из новообращенных лютеран, которые, по словам Игнатия Брянчанинова, «пылали еще фанатическим пристрастием к своей лишь родившейся вере», преследуя православных корел, по льду перешел с материка на остров и напал на монастырь. 20 февраля (5 марта по новому стилю) 1578 года 18 монахов и 16 послушников были убиты за твердость в православной вере — их имена потом были внесены в синодик с пометой «побиты от немец на Валааме старцев и слуг», и в память о них в монастыре ежегодно совершалась соборная панихида.
Во время следующего набега монастырь был полностью сожжен, а иноки разбрелись по ближайшим пустынным местам, превратившись в отшельников: к началу XVI века на архипелаге жили около 600 монахов, но нападения шведов привели к запустению острова.
После заключения мира со Швецией в 1595 году Валаамская земля вновь отошла к России. Но только монастырская жизнь начала возрождаться, как в 1611 году шведы опять захватили Валаам – и снова все разорили. Многие из братии, во главе с игуменом Макарием, приняли мученическую кончину, но некоторым удалось бежать, и они расселились затем по новгородским и псковским монастырям. А на острове поселились шведские колонисты.
Цепь этих скорбных событий не менее печальным образом завершилась в 1617 году заключением Столбовского мира, по которому Валаам вообще надолго отошел к Швеции. Лишь после русско-шведской Северной войны в начале XVIII века земли западной Карелии были возвращены России, и в 1715 году Петр I повелел возобновить древнюю обитель, приписав ее тогда к Кирилло-Белозерскому монастырю.
На юбилейном Архиерейском соборе в августе 2000 года валаамские мученики были причислены к лику святых Русской православной церкви для общецерковного почитания.